Atentatele au fost conforme cu misiunea al-Qaeda, descrisă în fatwā din 1998 a lui Osama bin Laden, Ayman al-Zawahiri, Ahmed Refai Taha, Mir Hamzah, și Fazlur Rahman. Această declarație începe cu un citat din Coran: „ucide păgânii oriunde-i vei găsi” și extrapolează de aici pentru a concluziona că este „de datoria fiecărui musulman” să „ucidă americanii pretutindeni”. Bin Laden a elaborat această temă în „Scrisoare către America” din octombrie 2002: „sunteți cea mai rea civilizație văzută vreodată în istoria lumii: sunteți națiunea care, în loc să conducă după Sharia lui Allah în Constituția și în Legile sale, a ales să-și inventeze propriile legi după cum dorește. Separați religia de politici, în contradicție cu pura natură care afirmă Absoluta Autoritate a Domnului și Creatorului vostru.”

​

      Pe de altă parte, expertul în antiterorism Richard A. Clarke explică în cartea sa din 2004, Against All Enemies, că deciziile de politică externă a SUA, inclusiv „împotrivirea față de Moscova în Afganistan, introducerea de militari americani în Golful Persic”, și „întărirea Israelului ca bază pentru un flanc sudic împotriva URSS” au contribuit la motivațiile al-Qaeda. Alții, cum ar fi Jason Burke, corespondent de politică externă pentru The Observer, se concentrează pe un aspect mai politic al motivațiilor, spunând că „bin Laden este un activist cu un simț foarte clar al ceea ce vrea și al felului în care speră să-l obțină. Mijloacele sale sunt mult în afara normelor de activism politic [...] dar agenda sa este în esență una politică.”

     

      Michael Scott Doran, corespondent pentru Foreign Affairs, accentuează și mai mult utilizarea „mitică” a termenului „spectaculos” în răspunsul lui bin Laden la atentate, explicând că el încearcă să provoace o reacție viscerală în Orientul Mijlociu și să se asigure că cetățenii musulmani vor reacționa cât se poate de violent la o creștere a implicării americane în regiunea lor.